Le premier document conservé dans les collections de manuscrits de la médiathèque (Ms 87) est connu sous le nom de " Livre des quatre clous" faisant référence à la reliure et aux quatre bouillons qui ornaient le plat supérieur de l’ouvrage. Le manuscrit recense du XVe au XVIIe siècle les copies des privilèges accordés à l’université de Perpignan, les listes des recteurs et des professeurs et différents textes sur le fonctionnement de l’institution. Consulter l'ouvrage.

Le deuxième document (Ms 89) conserve les « Statuts et privilèges de l’Université de Perpignan » au 18e siècle. On peut y découvrir le prix des l’inscription des étudiants ou le règlement de l’Université par le roi Louis XV en 1759. Consulter le document.