Les ouvrages de religion sont classés dans les fonds anciens à la lettre « A » dans l’inventaire. Le catalogue identifie les ouvrages mais aussi les mentions de provenance quand elles figurent dans l'ouvrage. Les ex libris et les mentions manuscrites permettent d’identifier les différents possesseurs des ouvrages. Les bibliothèques conventuelles peuvent ainsi être en partie reconstituées. Les mentions recueillies dans les ouvrages anciens sont celles des Dominicains ou Frères Prêcheurs,des Franciscains ou Frères mineurs, des Capucins de Perpignan, d’Elne ou de Thuir, des Minimes de l’Observance, des Grands Carmes,  des Grands Augustins, des Carmes deschaux du Couvent St Joseph de Perpignan, des Augustins déchaussés, sans oublier les nombreux ouvrages du Collège des Jésuites qui, s’ils ne font pas partie des confiscations révolutionnaires, en ont été en quelque sorte, un préambule.

Parmi les ouvrages les plus prestigieux  conservés à la médiathèque, le plus ancien document est un texte qui proviendrait de l’Abbaye de Saint Michel de Cuxa (Ms 1). Ce manuscrit sur parchemin daté du début du XIIe siècle, contient les textes des Evangiles dans la traduction de Saint Jérôme. Les canons d’Eusèbe de Césarée en début d’ouvrage, ont une riche décoration. Un autre ouvrage remarquable est un missel manuscrit daté de 1492 avec de somptueuses enluminures (Ms 119).

Parmi les incunables, premier livres imprimés, les livres de religion occupent une place importante. La Bible est le premier livre à avoir été imprimé en Europe. On y trouve une littérature didactique, pieuse ou moralisante souvent traduite en différentes langues pour être diffusée le mieux possible. Entre 1445 et 1520, la proportion des ouvrages religieux représente 75% de la production typographique. Ainsi à la fin du XVe siècle 94 Bibles latines sont publiées en Europe et on en dénombre plus de 400 au XVIe siècle.
Dans les collections des incunables conservés à Perpignan, les livres religieux représentent la moitié des titres.
Parmi eux nous citerons une Bible latine imprimée en 1478 avec un ex libris de Saint Michel de Cuxa et une autre imprimée à Venise en 1476. Les premiers imprimeurs laissent aux enlumineurs et aux rubricateurs le soin  de décorer les livres et de rajouter à la main des illustrations, dans la tradition du livre manuscrit.

Les bibliothèques monastiques, souvent très anciennes, conservaient des collections considérables de livres  de religion. Les thèmes les plus courants sont des textes bibliques, de patristique,  la théologie,  la spiritualité,  l’hagiographie,  l’histoire ecclésiastique. Il y a de nombreux ouvrages sur l’Ecriture et l’Exégèse, les conciles, la théologie, la morale, les cas de conscience, les exercices de piété, les retraites spirituelles, méditations, préparations à la mort, le droit canon, le monachisme, l’histoire de l’Eglise et un certain nombre d’ouvrages de controverse notamment sur le jansénisme. Sont imprimés dans les diocèses bréviaires et missels, statuts synodaux, conciles paroissiaux, catéchismes et littérature de dévotion.

Les catéchismes, destinés à l’éducation religieuse du peuple, sont traduits dans les différentes langues vernaculaires. En Roussillon, les catéchismes sont en catalan. Chaque diocèse élabore son propre manuel. C’est Napoléon qui, en France, imposera un catéchisme unique, le catéchisme impérial. La médiathèque en conserve  un grand nombre : catéchismes du Concile de Trente, catéchismes du diocèse de Montpellier commandés par monseigneur de Colbert, catéchismes du diocèse d’Elne pour lesquels nous avons de nombreuses éditions commandées par l’évêque du diocèse : celui de Jean Hervieu Basan de Flamenville évêque d'Elne dont on a plusieurs éditions dans la 2^e moitié du XVIIIe s, celui des évêques Gaussail,Saunhac-Belcastel, Ramadié, Carsalade du Pont....